Επειδή τα διαβήματα των Αγγλογάλλων δεν είχαν κανένα αποτέλεσμα, οι δύο χώρες αποφάσισαν να δράσουν δυναμικά για να επιβάλλουν τις απόψεις τους. Οι πρεσβευτές τους στην Αθήνα επέδωσαν τελεσίγραφο στον βασιλιά και μετά τη λήξη του στις 12 Μαΐου του 1854, πρώτα ο γαλλικός στρατός αποβιβάσθηκε στον Πειραιά, για να ακολουθήσει λίγες ημέρες αργότερα ο βρετανικός. Υπό την πίεση των όπλων, ο Όθων αναγκάσθηκε να διακηρύξει την ουδετερότητα της Ελλάδας στον Κριμαϊκό Πόλεμο και να αποσύρει σταδιακά τα στρατιωτικά σώματα από τα εδάφη της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας.Παράλληλα, απάλλαξε από τα καθήκοντά της την κυβέρνηση του Αντωνίου Κριεζή και όρκισε νέα υπό τον βετεράνο πολιτικό και πρεσβευτή της Ελλάδας στο Παρίσι, Αλέξανδρο Μαυροκορδάτο. Με απαίτηση των Γάλλων, το υπουργείο Στρατιωτικών (σήμερα Εθνικής Άμυνας) δόθηκε στον μισητό του αντίπαλο Δημήτριο Καλλέργη, που πρωταγωνίστησε στην εναντίον του επανάσταση της 3ης Σεπτεμβρίου του 1843. Η κυβέρνηση Μαυροκορδάτου, γνωστή και ως «Υπουργείο Κατοχής», θα παραμείνει στην εξουσία έως τα τέλη Σεπτεμβρίου του 1855 και θα αντικατασταθεί από την κυβέρνηση του Δημητρίου Βούλγαρη.
Το μοναδικό, ίσως, επίτευγμα της κυβέρνησης Μαυροκορδάτου υπήρξε η επανάληψη των διπλωματικών σχέσεων με την Οθωμανική Αυτοκρατορία, που είχαν διακοπεί λόγω της εισβολής των ελληνικών στρατιωτικών σωμάτων στα εδάφη της και η σύναψη εμπορικής συμφωνίας μεταξύ των δύο χωρών (27 Μαΐου 1855), που υπήρξε ευνοϊκή για τα ελληνικά συμφέροντα. Αρχικά, ο Σουλτάνος είχε απαιτήσει αποζημίωση από την Ελλάδα για τις καταστροφές που είχαν προκληθεί στις επαρχίες του, αλλά οι αξιώσεις του απορρίφθηκαν από τους Αγγλογάλλους, με το αιτιολογικό τις βιαιοπραγίες των στρατευμάτων του εναντίον των Ελλήνων κατοίκων των περιοχών αυτών.
Η κατοχή των Αγγλογάλλων αρχικά περιορίσθηκε μόνο στον Πειραιά, αλλά λόγω του ανθυγιεινού κλίματος του επινείου της Αθήνας, επεκτάθηκε το καλοκαίρι του 1854 ως τα Πατήσια και την Πεντέλη. Η παραμονή των ξένων δυνάμεων στην πρωτεύουσα ήταν αρκετά επώδυνη για τους κατοίκους της, παρά την ενασχόλησή τους με πολλά κοινωφελή έργα. Οι ξένοι στρατιωτικοί αναμίχθηκαν στα εσωτερικά πολιτικά πράγματα, κατέστρεψαν εγκαταστάσεις αντιπολιτευόμενων εφημερίδων («Αιών»), συνέλαβαν μη αρεστούς σ’ αυτούς δημοσιογράφους, όπως ο Ιωάννης Φιλήμων και ο Κωνσταντίνος Λεβίδης και πλήγωσαν την υπερηφάνεια των Αθηναίων, όταν παρήλαυναν προκλητικά μπροστά από το παλάτι του Όθωνα (κτίριο σημερινής Βουλής) στην Πλατεία Συντάγματος. Μα πάνω απ’ όλα θα προκαλέσουν το μίσος των Αθηναίων, όταν από το πλήρωμα ενός γαλλικού πλοίου θα προέλθει η χολέρα, που θέρισε την Αθήνα και προκάλεσε τον θάνατο 3.000 ανθρώπων, δηλαδή το ένα δέκατο των κατοίκων της.
Τα αγγλογαλλικά στρατεύματα θα αναχωρήσουν τελικά από την Ελλάδα στις 15 Φεβρουαρίου του 1857, ένα χρόνο μετά την ήττα των Ρώσων και τη Συνθήκη των Παρισίων (30 Μαρτίου 1856), που έθεσε και επισήμως τέρμα στον Κριμαϊκό Πόλεμο. Η τρίχρονη κατοχή της Αθήνας και του Πειραιά ανέβασε προσωρινά τη δημοτικότητα του Όθωνα. Σε συνδυασμό δε με την έκβαση του Κριμαϊκού Πολέμου και την απογοήτευση από τη μη εκπλήρωση των εθνικών πόθων, προκάλεσε την αναδιάταξη του πολιτικού σκηνικού της χώρας, με την εξαφάνιση των τριών μεγάλων κομμάτων της εποχής, του «Αγγλικού», του «Γαλλικού» και του «Ρωσικού», και την εμφάνιση νέων πολιτικών ανδρών.
